男性尿道炎久治难愈的原因主要有以下几点：

首先，免疫力低下是导致尿道炎久治难愈的重要因素。有些尿道炎患者免疫力低下，如果同时合并糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，那么这些疾病都会增加尿道炎的治疗难度，使得尿道炎难以治愈。

其次，隐深部位的感染也是尿道炎久治难愈的原因。由于致病菌通常藏匿在组织深处，或者潜伏在尿道隐窝、尿道旁腺等位置，药物很难发挥全效，这就给康复留下了隐患。同时，急性尿道炎可能会伴随前列腺炎，如果疾病未被彻底治愈，那么在治愈后，可能会因为前列腺感染而复发。

再者，部分微生物造成的尿道炎在抗生素治疗后，由于药物和疗法的不足，会使病菌暂时进入潜伏期。一旦喝酒、劳累等因素出现，就会使潜伏病菌繁殖，导致尿道炎反复发生。

此外，男性尿道炎如果反复发作，长时间受炎症刺激，会使得尿路黏膜、肾盂肾盏受到严重损伤，甚至出现纤维化、畸变。这种情况会使得尿路梗阻、畸形，妨碍了正常的尿液引流和治疗，给治疗带来难度，影响痊愈。

最后，尿道炎的致病菌耐药也是导致尿道炎久治难愈的重要原因。如果患病初期治疗不规范、不科学，盲目用药，那么可能会使身体微环境受到严重破坏，导致治疗效果时好时坏，使尿道炎反复发生。